Ich denke, das kann man recht leicht beantworten:
Planktons Design basiert – wer hätte es gedacht – auf dem Aussehen von Plankton. Von diesen Mikroorganismen gibt es zwar tausende verschiedene Arten, aber viele haben irgendeinen „Punkt“ in der Mitte ihres Körpers. Kann man z.B.
hier gut sehen. Der Punkt wird wohl als Vorlage für das Auge gedient haben.
Außerdem denke ich, dass es illustrieren soll, dass Plankton eine primitive Lebensform ist – deshalb ein Auge statt zwei. Der Gag daran ist ja, dass Plankton, obwohl er eigentlich biologisch das „primitivste“ Lebewesen in Bikini Bottom ist, die kompliziertesten Maschinen baut und als einziger Charakter in der Serie bekanntermaßen eine Universität besucht hat (außer es gibt in den neuen Staffeln noch irgendwelche unwichtigen Nebencharaktere, das schließe ich nicht aus).