Es geht um den jungen Schleiereulerich Soren und seine Freunde Gylfie, Morgengrau, Digger und Otulissa. Anfangs wird Soren von zwei Eulen des Sankt Ägolius Internat für verwaiste Eulen aus dem Nest gestohlen und mit ihm sein Bruder Kludd. Nyra, die Ablah-Generalin des Internats sucht junge Schleiereulen für ihren Meister Eisenschnabel, der beginnt seine "Reinsten" wiederaufzubauen. Die Reinsten sind Schleiereulen, NUR Schleiereulen, darauf legt der "Hohe Tyto" (Eisenschnabel) Wert. Er denkt, alle anderen Eulenarten seien unrein und zu nichts zu gebrauchen. Zudem lagert er einen Vorrat aus Tupfen, einem speziellen, für Eulen schädlichen Metall. Damit will er die Wächter, die Eulen des großen Ga'Hoole Baums eines Tages vernichten. Als Soren und Kludd im Internat ankommen, werden sie zugeteilt und Soren lernt Gylfie, die Elfenkäuzin kennen und freundet sich mit ihr an. Eulen werden im Sankt Äggie "mondwirr" gemacht, mit er Kraft des Mondes. Diese mondwirren Eulen sind nicht mehr sie selbst, sie gehorchen jedem, der ihnen was befiehlt. Soren und Gylfie lernen, sich der Kraft des Mondes zu widersetzten und sich nicht mondwirr machen zu lassen. Kludd jedoch begibt sich mit Nyra zu den Trainingsplätzen der Reinen, wo er mit anderen "Tyto Alba" lernt, ein junger Soldat von Eisenschnabel zu werden, und die Wächter des großen Baumes zu bekämpfen. Während Nyra großes Vertrauen in ihren Schüler Kludd setzt, denkt Soren, er müsse seinen Bruder retten, damit sie gemeinsam aus dem Internat fliehen können. Aber Kludd will das nicht, da er Nyra vertraut und es genießt, von allen geschätzt zu werden. So fliehen Soren und Gylfie alleine, um die Wächter und den Ga'Hoole Baum zu suchen, um sich den Eulenwächtern anzuschließen, die das Böse bekämpfen. Auf ihrer Suche treffen sie Morgengrau und Digger, zwei Eulen. Die beiden schließen sich der Suche an und bald erreichen sie mit mehr oder weniger Hindernissen den großen Baum. Dort gibt es eine Königin und einen König, Barran und Boron, zwei gutmütige Schneeeulen. Soren erzählt ihnen ihre Geschichte, wie Kludd immernoch bei den Reinen ist und mehr und mehr böse wird. Dann sieht man eine Szene, wo Kludd und andere junge Schleiereulen gerade dem Hohen Tyto als Soldaten vorgeschlagen werden. Kludd wird besonders gelobt und als er Soladt ist, beginnt er, Eisenschnabel zu loben und zu preisen, zusammen mit den anderen Soldaten und Nyra. Dann sieht man Eglantine, die Schwester von Kludd und Soren. Sie möchte Soren suchen gehen und Kludd verspricht ihr das. Dann macht er sie, ohne dass sie davon weiß, mondwirr. Nyra ist zufrieden mit ihrem ehemaligen Schüler und lobt ihn. Doch Eglantine flieht- und eine Rettungsbrigade der Wächter findet sie und bringt sie in den großen Baum, wo Soren ganz entsetzt zusieht, was aus seiner Schwester geworden ist. Inzwischen sind die Wächter aufgebrochen, um gegen die Reinen zu kämpfen. Soren erkennt die Gefahr, die von Alomer (kA, wie der geschrieben wird) ausgeht, einem Wächter, der den Baum verraten hat. Er zieht auch in die Schlacht, zusammen mit Ezylryb, seinem weisen Mentor. Ausgerüstet mit Kampfkrallen kämpft Soren gegen Kludd, der bei dem Reinen hohes Ansehen genießt. Kludd kommt anscheinens dann bei einem Feuer um, aber man weiß nicht wirklich, was mit ihm geschieht. Soren sieht, dass Ezylryb gegen Nyra und Eisenschnabel gleichzeitig kämpft und greift ein. Nyra versucht, Ezylryb umzubringen, aber Soren lenkt sie ab und tötet Eisenschnabel. Nyra ist verängstigt und zieht sich mit ihren Reinen zurück. Ezylryb kehrt mit den Wächter zum Baum zurück und man sieht, wie seine Eltern im Baum angekommen sind.