Der schlaue Kater Francis zieht mit seinem Besitzer Gustav in ein altes, dunkles Haus, das dem Kater schon im ersten Moment unheimlich vorkommt. Beim Erkunden des Hauses entdeckt Francis im Garten einen toten Artgenossen und er trifft Blaubart, einen krüppeligen Kater, der Francis einen Klugscheißer nennt. Blaubart meint, ein Mensch ("Dosenöffner") hätte die Katze im Garten getötet, doch Francis glaubt an einen Mord durch eine andere Katze. In der ersten Nacht im neuen Haus träumt Francis von einem Mann mit schwarzem Gesicht, der ihn an einer Kette mit sich in eine Feuergrube zieht. (Das wird für später noch wichtig.) Am nächsten Tag kommt Blaubart zu Francis ins Haus, um ihm von einem neuen Mord zu berichten. Francis bittet Blaubart, ihn zum Tatort zu führen. In der nächsten Nacht wird Francis von Katzengeschrei aus dem obersten Stock geweckt. Er geht nachschauen und entdeckt eine Ansammlung von Katzen, die einen gewissen 'Claudandus' verehren. Manche Katze opfern sich sogar selbst durch Starkstrom. Unter den Katzen im Raum sind auch Kong, ein riesiger Kater, den Francis am Vortag kennenlernte, seine Gefährten Hermann & Hermann und zu Francis' Entsetzen auch Blaubart. Doch Francis bleibt nicht lange unbemerkt und der Zeremonienführer befiehlt den Katzen, Francis zu verfolgen (muss man sich mal vorstellen, im eigenen Haus!). Es beginnt eine Verfolgungsjagd über die Hausdächer der Stadt. Francis fällt schließlich durch ein Dachfenster ins Wohnzimmer von Felicitas, einer blinden Kätzin, die Francis einige Informationen über die Claudandus-Sekte liefert. Blaubart findet Francis und bringt ihn zu Pascal, einen alten Kater, der eine Liste aller Bewohner im Revier führt, ebenso wie seine Opfer. Francis sieht, dass das neueste Opfer Felicitas ist, was Francis zunächst nicht glauben kann, doch dann wird ihm klar, dass sie sterben musste, weil sie eine Zeugin war und was von der Sekte wusste. Als Francis im Keller seines Hauses Ratten jagt, stößt er an ein Fernsehgerät, welches sich daraufhin von selbst einschaltet. Es wird gezeigt, wie der Forscher Julius Preterius und seine Gefährten Grey und Ziebold an einem Gewebekleber basteln, der Wunden in Sekundenschnell heilen soll. Als Versuchstiere müssen streunende Katzen herhalten. Doch das Mittel funktioniert bei allen nicht und die armen Tiere verbluten kläglich oder werden eingeschläfert. Nur bei einem funktioniert es, bei einem prächtigen Streuner, den Preterius "Claudandus" nennt. Dieser Kater wird zum Maskottchen des Forschungslabors und wird immer weiter missbraucht. Francis schaltet das Gerät aus, weil er nicht mehr von dieser traurigen Dokumentation sehen will. Als er sich umdreht, steht Kong vor ihm und gaukelt ihm vor, selbst die ganzen Morde verübt zu haben und er will Francis auch umbringen. Doch dieser glaubt Kong nicht, dass er der Mörder ist, dafür wäre er einfach zu blöd gewesen. Francis kann nach draußen fliehen doch Kong verfolgt ihn weiter, bis Francis in einen Garten kommt, wo eine tote Kätzin mit ihren toten Jungen liegt. Kong sieht das und stürzt zu ihr hin. Francis erfährt, dass es Solitaire, die Gefährtin von Kong war. Damit scheidet er endgültig als Mörder aus. Kong und Francis sehen eine alte Katze aus dem Gebüsch kriechen und verfolgen sie, da Kong glaubt, es sei der Mörder von Solitaire. Doch die Katze versteckt sich und Kong verfolgt sie alleine weiter. Als er weg ist, sieht Francis, wie die alte Katze aus ihrem Versteck kommt und in eine unterirdische Röhre geht. Francis folgt ihr und nach kurzer Zeit kommt auch Blaubart. Sie erfahren, dass der Fremde Jesaja heißt und Totenwächter ist, jedoch keine der Katzen umgebracht hat. In der Nacht träumt Francis dann von dem Propheten, von dem Jesaja erzählt hat und am nächsten Morgen sieht er eine Kätzin im Garten, die wohl zu einer sonderbaren und neuen Katzenrasse gehört. Blaubart bricht zu Joker, dem Führer der Sekte auf, um ihn zu suchen und Francis geht zu Pascal. Später taucht auch Blaubart dort wieder auf und berichtet, dass Joker nirgendwo zu finden sei. Bald darauf berufen die 3 eine Versammlung ein, in der sie die Katzen im Revier über das Labor und Claudandus aufklären. Außerdem rufen die die Katzen dazu auf, nach Joker zu suchen, da er der Einzige ist, der weiß, wer Claudandus wirklich ist. Francis und Blaubart gehen noch einmal zu Joker's Haus und finden ihn tot auf. Francis wird endlich klar, dass Claudandus also überlebt haben muss. Zuhause sieht Francis ein Buch in Gustav's Arbeitszimmer, ein Buch, wo die Vererbungslehre von Gregor Johann Mendel beschrieben ist. Dann fällt ihm ein, dass Ziebold, der Besitzer von Pascal sogar ein riesiges Bild von Mendel im Wohnzimmer hängen hat. Francis und Blaubart machen sich auf zu Pascal. Während Blaubart in die Küche geht, setzt sich Francis an Pascal's Computer und schaut sich erneut die Liste an. Er findet heraus, dass Pascal eine Urrasse züchtete und alle tötete, die sich mit den Weibchen paaren wollten. Hinter Francis erscheint Pascal und es beginnt ein Kampf zwischen ihnen. Francis gewinnt und er tötet Pascal und lässt ihn im brennenden Haus zurück. Dann rette er den schwer verletzten Blaubart und schafft es nach draußen. Zum Schluss sieht man Francis, wie er wieder ein Weibchen dieser neuen Rasse trifft.